然而，动物学家多年的研究资料更倾向于证明企鹅的祖先其实是会飞的。企鹅的身体结构中保留了会飞翔祖先的许多烙印，例如其鳍翅实为变成桨状的飞翼，腕和掌骨形成的联合结构适合附着飞羽。虽然企鹅的翮羽已消失，但支撑它的结构依然存在。更重要的是，企鹅胸骨有明显的龙骨突起，这是飞翔肌肉附着的典型特征，与飞翔鸟类高度相似，这一解剖学证据强烈暗示了它们曾具备飞行能力。
企鹅是鸟类吗？为什么？
对于企鹅祖先是否会飞的问题，古生物学研究提供了不同的线索。早在5000万年前的第三纪就出现了企鹅的踪迹，但4500万年前的化石缺失让起源变得神秘。科学家孟兹比尔曾提出多元起源理论，认为企鹅可能起源于不会飞行的祖先，其鳍翅并非变异翅膀，而是爬行类前肢在水下的直接应用。1981年在日本发现的“公肉鸟”化石，被认为是一种3000万年前不会飞的原始企鹅，这似乎支持了企鹅从未进化出飞行能力的观点。
企鹅骨骼中存在的尾踪骨更是其祖先会飞的重要证据。鸟类从爬行类祖先那里继承长尾巴，后演化为尾踪骨以支持扇形尾羽，这是适应飞翔的结构，从始祖鸟到现代鸟类皆有。企鹅拥有这一结构，说明其祖先具备飞行特征。此外，企鹅睡眠时将喙插在翅下的姿势，是发达翅膀的飞翔鸟类特有的休息方式，不会飞的鸟难以采用这种姿势。这一行为习性进一步印证了企鹅与飞翔鸟类的密切亲缘关系，表明它们是从会飞的祖先进化而来，后来才放弃飞行转而适应水中生活。
企鹅的中文名“企鹅”则是根据其姿态得来的。“企”字在汉语中原指抬起脚后跟站立，企鹅在陆地上常像人一样直立行走，伫立在海边或雪地上时，常昂首远望，仿佛在企盼着什么，因此得名。这种命名方式生动地描绘了企鹅在陆地上的独特站姿，与其他海鸟相比，企鹅的直立姿态更具拟人化特征，也是其区别于其他鸟类的一个显著外观标志。
企鹅确实属于鸟类，这一点在现代生物学分类中已经非常明确。虽然它们不会飞行，在陆地上行走也显得笨拙蹒跚，但企鹅拥有鸟类的基本特征，如头部、喙以及羽毛。它们被世人亲切地称为“海洋之舟”，是一种专门适应海洋生活的游泳海鸟。尽管早期人们因为看到它们在水中的敏捷表现而误以为是长了羽毛的鱼，或者介于鱼和鸟之间的过渡物种，但现代科学早已确认其鸟类身份。
关于企鹅名字的由来有着几种有趣的说法。一种观点认为英文Penguin源自1520年葡萄牙探险家皮加非塔的名字，因为海员们见他神态呆滞像企鹅而直呼其名，后来逐渐演变成物种名称。另一种说法则认为起源于葡萄牙语中对短翅北方大海雀的称呼，意为“胖子”，因为大海雀与企鹅外形相似且富含脂肪。还有历史学家指出其源于威尔士语“潘昆”，意为“白头乌”，这是不列颠渔民对企鹅的早期称呼。