还有一个关于忍族灭亡的传说，据说因为德川幕府担心忍族知晓太多战国机密，便强令各忍族上交武功秘籍，否则就以大不敬之罪灭族。忍族长老识破了这是阴谋，于是将中等和下等武功上交，而将最精华的上等武功交给少数孩子逃命。幕府拿到书后，借口忍族欺骗，派遣大军进行残忍的大屠杀，除那几个孩子外，忍族几乎全部遇难。幕府随后利用上交的书籍训练出了后来的“京都密探”。如果这个传说为真，当今日本的忍者传人要么是那几个孩子的后代，要么是京都密探的传人。
历史上真的存在过忍者吗
在动荡的日本战国时代，各大名之间征战不休，对忍者的需求达到了顶峰。许多忍者集团为了摆脱庶族的低贱身份，甚至希望将来能站在阳光下，纷纷投身于某一方大名麾下，为他们执行那些不可告人的秘密任务。例如服务于德川家康的服部半藏就是其中的代表。这些忍者在战争中出力极多，但也因此遭受了巨大的伤亡，而他们的组织实力也在长期的火并与竞争中逐渐形成了一些强大的流派，如伊贺派、甲贺派和风魔族等。
忍者的工作内容非常现实且残酷，主要包括探听敌方情报、执行暗杀任务、担任保镖以及破坏敌方后勤设施等。他们并非单打独斗，而是以小型武装集团的形式存在，类似于杀手组织，通过接受委托来换取佣金生存。在长期的职业发展中，他们为了适应这种隐秘的行动方式，开发出了各种特殊的武学、道具和藏身技巧，也就是所谓的“忍具”和“遁术”。
历史上确实存在过忍者这一职业群体，但他们和动漫里那种高大上、金光闪闪的形象完全不同。大部分忍者其实是出身贫苦、连姓氏都没有的底层百姓，或者是落魄的士族成员。在等级森严的日本古代社会，他们属于被轻视的“庶族”，从事的都是潜入、暗杀、情报搜集这些上不得台面的活儿，为了掩盖身份，他们往往都蒙着面行动。
然而，战争结束后，那些大名们并没有信守承诺帮助忍者摆脱庶族身份。相反，出于维护自身统治的需要，或者是因为忍者知晓了太多大名的机密，许多大名选择对忍者组织进行打击和绞杀。这直接导致了忍者这一职业逐渐退出历史舞台。所谓的“遁术”也并没有那么神奇，比如土遁其实就是挖地道或提前挖坑藏身，火遁是纵火制造烟雾脱身，水遁则是咬著芦苇杆潜水，这些都是靠吃苦和基本功完成的。
还有一种观点认为，忍者最早是中国传到日本的，先秦时期就有类似的兵种用于打探情报，也就是俗称的探子。影视剧中的忍者形象过于神话和夸张了。如果从现代角度看，现在最接近忍者职能的其实是特种侦察兵。他们执行隐蔽侦察、情报收集等任务，这种描述更加贴近历史真相，剥离了那些不切实际的超自然色彩。
关于忍者的武功，其实主要依赖暗器、老虎爪和短刀。虽然传说忍术分为上中下三等，但下等和中等武功多为偷袭、阴狠毒辣的手段，甚至不惜同归于尽，这与讲究礼仪的日本剑道形成鲜明对比。只有上等武功，由那些有身份的落魄武士出身的忍者练习，他们将传统武术与忍术结合，才能与剑道高手公开比武。鼎盛时期的伊贺、甲贺等族，随着德川幕府建立和乱世结束，也开始走向衰落。