在生态养殖方面，明朝江南首现了在水稻田里养鱼的方法，利用鱼吃稻田里的蚊虫卵，从而有效控制了因蚊虫卵产生的疟疾。这种生态农业模式在宋元时期肆虐的疟疾，到了明朝已不再是重大危害，体现了农业与自然环境的和谐共生。
明朝农业发展有哪些主要特色？
在政府强调的诸多经济作物中，棉花种植最为普及，到明代中叶呈现全国普遍种植局面。全国棉花因种植区域不同形成三大著名品种，并形成了三大植棉区：以北直隶和山东为中心的北方植棉区，以南直隶和苏松为中心的中部植棉区，以及以福建、广东、广西、云南和四川为中心的南部植棉区。
明代农民注重培育和推广优良品种，淘汰劣质品种以提高亩产量。高产作物如玉米、红薯以及经济作物落花生、烟草的引进，对解决因人口增加带来的粮食问题和增加农民收入起到了重要作用，选育优良品种备受明代人重视。
在万历年间，明朝的耕地总面积达到了七百万顷，到了明末更是增长至七百八十多万顷，这一规模即使在后来的康乾盛世也未被超越。当时的欧洲传教士惊叹中国的耕地像花园一样井井有条，几乎没有荒地，并称中国的糖比欧洲白，布比欧洲美，展现了当时农业的高度发达。
西方经济学家将中国社会生产力分为两个马鞍形，宋朝到达第一个顶峰，而明朝则到达更高的第二个马鞍形。相比之下，元朝和清朝的生产力却出现了大滑坡，这表明明朝在生产力发展上达到了一个新的高度，是中国农业发展的辉煌时期。
明朝中后期赋役征收从实物税向货币税转化，提高了农产品商品化程度。粮食和经济作物生产原料与手工业品生产的地区分工趋势显现，区域之间的经济联系加强，形成区域农业生产特色，优化农产品品种，提高单位面积产量，带动了农村加工业的发展。
明朝实行了多样化的农业经营模式，江南地区的稻谷亩产达到二三石，北方小麦亩产在两到四石之间。此外，甘薯、玉米、烟草、油料、花生等作物已在南北各省广泛种植，棉布更成为全国主要衣料，显示出农业结构的优化和作物种类的丰富。
其他经济作物如甘蔗、果树、茶叶、药材、花草、蔬菜等的种植在嘉万历年间也得到了不同程度的发展。经济作物的广泛种植带动了农村加工业的发展，其中棉纺织业因社会需求增加和获利高，成为明代广大农村家庭的主要副业。
明朝农业生产技术有了显著进步，发明了一种名为“代耕”的新式农具，利用机械原理既省力又高效。同时，农民使用高效的“榨油枯饼”作为肥料，植棉方面采用著名的“张五典种棉法”，灌溉则使用徐光启仿制的“龙尾车”，实现了省物不烦、用力少而得水多的效果。
明朝时期，多熟种植技术得到了推广，作物新品种如玉米、甘薯、马铃薯、烟草被引入我国，经济作物种植面积扩大，并形成了专业的生产区域。棉花种植从江南推向江北，桑、麻等作物广泛种植，江南大力发展双季稻，岭南出现三季稻。
明朝在农业发展达到鼎盛时期，粮食亩产量极大提高，尤其是江浙一带稻米产量，随着玉米传到内陆，玉米产量比麦类高，产量大幅度增加。同时经济作物种植面积扩大，棉花、甘蔗面积得到推广，桑蚕业兴盛，江浙一带种桑养蚕成为农民生产项目，体现了商品经济发展。
明朝首次创造了泄洪渠和水库综合治理方案，在江南治理水患，彻底解决了持续千年的江南水患问题。徐贯等人留下的水利工程至今仍是江南大地抵抗雨季的生命线，这也促成了“上有天堂，下有苏杭”美誉的形成，反映了水利建设对农业的重要性。
明朝农业政策既受政府宏观影响，也受经济利益驱动。朱元璋建国伊始强调棉、桑等经济作物种植；中后期国家赋役制度由实物劳役税转向货币税为主，农民为完纳赋税必须出卖农产品，追求最佳农业生产状况以获得最大经济收益。
徐光启发明的棉纺工具“搅车”极大地提高了纺织效率，以一人当三人或四人甚至八人使用。明朝还进行了重大的“农业革命”，通过改良越南稻种并在南北广泛推广，使得水稻亩产量出现大面积提升，推动了粮食产量的大幅增长。
明代另一种重要经济作物是植桑业，虽然在北方出现棉盛桑衰状况，但在南方尤其杭嘉湖一带得到长足发展。沿湖州县遍植桑，屋前宅后的尽寸之地必树之以桑，富者田连阡陌，桑麻万顷，显示了桑业在南方的高度集中和发展。
明朝初年，明政府运用强制性命令及优惠政策确保农民种植经济作物，规定有田五亩至十亩者种桑、麻、棉各半亩，十亩以上者加倍。工部移文地方官教民植棉法，并对不种植者采取惩罚措施，如不种桑者交绢一匹，促使经济作物种植面积不断增加。
明代人在注意选育良种的同时，也注重它的推广。例如宋代传入我国的占城稻，米粒大而味甘，耐旱且生长期短，经过不断挑选，生长期进一步缩短，在我国北方广大地区也能种植，起到了缓解“地少人多”矛盾的作用。