对海洋生态系统而言，灾难是毁灭性的。绝大多数海洋生物已经进化适应了咸水环境，如果海水变成淡水，这些生物无法存活，将面临集体灭绝的风险。考虑到海洋生物占全球生物总量的80%以上，这种大规模的死亡将导致食物链断裂，进而波及依赖海洋生物生存的陆地动物。
海水淡化对地球有什么危害？
随着甲烷浓度升高，地球温室效应加剧，温度上升。高温又促进了更多微生物和植物的生长，产生更多甲烷，形成恶性循环。最终，大气中极高的甲烷含量可能导致哺乳动物因无法忍受而灭绝，人类生存也面临巨大威胁，整个地球生态平衡将被彻底打破。
海水淡化还会加剧环境污染和温室效应。在淡水中，许多污染物无法像在咸水中那样被有效分解或沉淀，导致有害物质积累。同时，适合淡水生存细菌和藻类会大量繁殖，使海洋像湖泊一样变绿。腐烂的生物会释放大量甲烷，这是一种强效温室气体。
如果海水被全部转化成淡水，最直接的影响就是人类食盐来源的切断。我们现在食用的盐主要取自海水，一旦淡化完成，盐变得极度稀缺，价格将会飙升到难以想象的地步。同时，沿海的海鲜市场将不复存在，渔民失去生计，而内陆地区的人们也将再也吃不到海鲜，导致营养摄入结构发生重大变化。
全球气候系统也将遭受重创。洋流是调节气候的关键，其动力源于风力以及海水密度不均产生的热盐效应。如果海水淡化，海水的盐度改变，密度变化，必然导致洋流紊乱甚至停滞。这会引发全球气候模式的剧烈动荡，使得原本适宜生存的生物环境变得极端恶劣。