加工中心用镗刀在孔底偏置位置镗孔会使孔变成椭圆形吗？

关于你担心的椭圆问题，关键在于刀具的安装方式。正确的操作是让主轴定位刀尖始终保持在同一个固定方向上，也就是刀尖的指向相对于主轴来说是固定的，不会随着旋转而改变角度。