在泣母镇，主角再次遭遇了神秘事件，被传说中的博士复活。然而，当博士仔细检查主角的状态时，却发现了意想不到的事实：主角其实根本就没有真正死亡。这一发现为后续的故事发展留下了巨大的悬念和转折空间。
重装机兵3主角带双子莲进古拉托诺斯要塞换坷垃后到结局的详细剧情是怎样的
在古拉托诺斯要塞剧情中，当主角与坷垃汇合后，系统提供了让坷垃先行返回岸上或者跟随主角行动的选项。我个人的选择是让坷垃跟随主角一起行动。随后，队伍深入要塞内部，与强大的古拉托诺斯龙展开了决战。战斗结束后，由于要塞结构受损，用于撤离的潜艇开始下沉。
潜艇沉没之际，主角与坷垃在短暂的对话后，一同面对这深不见底的大海，画面逐渐转暗，标志着游戏正篇内容的结束。在观看了完整的通关动画后，剧情场景发生了转移，主角一行人来到了麦秆镇。此时，环境发生了剧烈的变化，整个地区爆发了一场强烈地震。
地震过后，角色西塞在场景中现身，此时他惊讶地发现坷垃竟然从瀑布上跌落下来。西塞迅速反应，成功救起了坠落的坷垃。随后，镜头视角顺着河流向下移动，最终抵达了泣母镇，这里的环境与游戏刚开始时的开场画面惊人地相似。