当杰克醒来时，发现他和瓦莱丽已被克里格尔劫持，并身处一架直升机上。一名精英守卫将杰克强行抛下直升机，克里格尔嘲讽道：“适者生存，祝你好运！”落地后，杰克仅有一把只有10发子弹的步枪。他必须再次穿越危险的防线，救出被囚禁的瓦莱丽。
孤岛惊魂1的剧情是怎样的？
在寻找武器库途中，杰克发现自己的手臂变绿，疑似感染了变异物质。多伊尔表示解毒剂可能有效，但空气中弥漫着克里格尔开发的高浓度突变物质。杰克决定直接去找克里格尔寻求血清治疗，因为常规解毒剂可能已不足以应对当前的严重变异情况。
杰克终于找到了瓦莱丽，此时她正被直升机带走。杰克试图拦截但未果，瓦莱丽趁机逃脱并游到岸边。她透露自己其实是CIA特工，正在调查克里格尔的非法业务。为了更有效地调查，两人暂时分开行动，各自探索群岛的不同区域以收集更多线索。
此时雇佣军正与Trigens激战，杰克趁机从火山斜坡攀登至总部。他震惊地发现克里格尔已变异受伤，且正在开发一种利用火山熔岩发电的技术。杰克要求解毒剂，克里格尔却称没有足够时间配制，警告杰克将在一小时后变成怪物。多伊尔适时出现，暗示还有剩余血清可用。
杰克·卡弗是一名退役士兵，在南太平洋经营租船业务。一次他受瓦莱丽·康斯坦丁雇佣，潜入密克罗尼西亚的一个未知小岛。然而，就在瓦莱丽离开后，杰克的小船被雇佣兵用火箭弹炸毁。杰克虽幸存却孤身一人搁浅在离家数千英里的荒野，他必须依靠自己的力量穿越丛林寻找归途。
随着探索深入，杰克发现岛上正在进行名为Trigens的转基因灵长类动物实验。这些生物逐渐失控，冲破安全防线攻击人类。更可怕的是，实验不仅限于动物，还涉及通过变异人类来创造终极战士。杰克需要一边躲避雇佣军，一边解开这个生化实验背后的真相。
杰克坚持要等多伊尔找到确切解药才离开，他带着虚弱的瓦莱丽前往码头，自己则返回工厂。此时，克里格尔的熔岩利用系统被破坏，火山即将爆发。杰克利用防爆门抵御高温，随后与瓦莱丽登上帆船逃离孤岛。火山爆发彻底摧毁了克里格尔的实验室。
瓦莱丽揭露多伊尔其实是CIA特工，伪装成技术员潜伏在克里格尔实验室。经过美方分析，杰克和瓦莱丽决定潜入并窃取那枚用于销毁罪证的战术核弹。杰克对使用核武器感到不安，但瓦莱丽保证只需摧毁工厂，且会在爆炸前沿逆风方向撤离，确保安全。
故事结尾，杰克使用找到的解药治愈了瓦莱丽。最后的画面中，瓦莱丽翻阅着标记为“孤岛惊魂计划”的厚重文件柜和光盘，揭示了这场冒险远未结束。这不仅是一次逃生，更是对跨国生物武器阴谋的深入揭露，悬念留给了后续的故事发展。
在进入核弹设置区前，多伊尔警告说爆炸产生的污染物可能导致突变。他指导杰克从一个标有生物危害的红色箱子中取出免疫血清并注射，以预防污染。完成核弹设置后，瓦莱丽和杰克逃离工厂。随后核弹爆炸，剧烈的冲击波使两人失去了意识。
岛上局势混乱，雇佣兵指挥官理查德·克洛命令部下全力搜索杰克，因为没发现他的尸体便认定他还活着。杰克在丛林中遇到了一位自称哈兰·多伊尔的神秘男子，在多伊尔的指引下，杰克开始寻找瓦莱丽，并着手破坏雇佣军的关键设施，如卫星通信站和弹药库。
局势进一步恶化，Trigens大量逃脱并攻击雇佣军，导致岛上陷入混乱。克里格尔不得不派遣精锐特种部队来控制局面。杰克在解救瓦莱丽的过程中，成功杀死了雇佣兵指挥官理查德·克洛。克洛遗留的信息显示，克里格尔手中掌握着战术核武器，意图毁灭一切证据。