当柯南通过解药暂时恢复成工藤新一时，主要有四次关键剧情。第一次是第50集外交官杀人事件后篇，他在服部平次面前首次变回新一。第二次是在第205至208集的危命复活系列中，包括在校园祭表演、对兰告白未遂等情节，这是他再次变回新一并试图与兰解释身份的过程。
名侦探柯南中工藤新一出场是在哪一集？
工藤新一在TV动画中的真身出场主要分为变小前和变小后两种情况。变小之前的剧集包括初登场的第1集云霄飞车杀人事件，以及作为回忆出现的第172-173集空中密室，还有第235-236集名侦探齐聚一堂工藤新一VS怪盗基德等。这些剧集展示了新一变小前的推理过程和人生经历。
特别篇和特典中也包含新一的出场。例如M12、M13、M15、M16的特典分别展现了新一初中和小学时期的故事。TV特别篇如第536-537集服部平次vs工藤新一滑雪场的推理对决，讲述了两人中学时的对决。这些内容丰富了工藤新一的角色形象，补充了主线剧情之外的细节。
第三次恢复真身是在第570至574集的杀人犯工藤新一系列中。这一长篇剧情中，新一突然被指控为杀人犯，服部平次介入调查，最终揭露真相并确认身份。此外，在第667至672集的福尔摩斯的启示录中，新一再次恢复真身，并在大本钟下对兰进行了正式的告白，这是剧情的重要转折点。
除了TV动画，新一在剧场版、OVA和特别篇中也有出场。剧场版中多以回忆、照片、远影或基德假扮的形式出现，如M7迷宫的十字路口中有暂时恢复真身的桥段。OVA中，如OVA1柯南vs基德vs铁剑和OVA11来自伦敦的绝密指令中，新一也有服药恢复后的短暂亮相。