苦艾酒被劫持实为故意，她给出的提示指向组织新人Irish，即警视厅间谍。镜头转至京都和大阪，柯南致电服部调查宾馆火灾，和叶在旁边吓了一跳，导致服部在窗边接听电话时险些坠落。预告片中黑暗组织狙击手瞄准佐藤和高木却只打爆轮胎，旨在制造事故拖延时间，基安蒂和科恩以此戏弄警方，显示他们尚未直接对抗警视厅。
漆黑的追踪者剧情是什么
电影开场氛围压抑惊悚，柯南在侦探事务所二楼搜寻物品时门外传来异响，当他返回屋内时，琴酒与伏特加突然现身。琴酒捂住柯南的嘴，直呼其真名工藤新一，并提及现在的身份是江户川柯南，随后将其举离地面。此时小兰下楼寻找，琴酒示意伏特加看看与小兰有关的人会有什么下场，伏特加举枪对准门口，门开后却无枪声，原来这一切都是柯南梦见小兰呼喊后的惊醒，极具戏剧张力。
小兰不慎打碎柯南饭碗，似乎预示厄运降临。警方抓捕无关嫌疑人时，群马警部过早亮出警官证导致行动失败，嫌疑人女友持刀威胁警察，并刺伤新登场刑警虎田由衣（大和敢助青梅竹马），目暮警官英勇挡刀。嫌疑人劫持的人质竟是伪装成女性的苦艾酒，柯南通过观察其左裤筒枪痕及脸部无血迹揭露其身份。
少年侦探团在米花之森捕捉甲虫时，柯南获得了博士新开发的强力背带，甚至能吊起元太，此道具在剧情末尾发挥关键作用。他们在一只雌性甲虫背上发现贴有带便利店OPEN标志的交叉纸条封印，这一发现成为后续案件的重要线索。对于“标签甲虫”的疑惑，博士用关于牛郎织女的中国传说冷笑话化解，增添了轻松幽默的气氛。
佐藤警官因此怀疑警视厅内有间谍，因行动路线泄露。真正的嫌疑人是水谷，其女友奈奈死于宾馆火灾，复仇动机涉及七张麻将牌及“八个人不能原谅”的线索。毛利小五郎初期推理错误，后在群马山野观北斗七星时受启发，理清部分脉络。警视厅一行向东京塔进发，博士发现更多交叉封印甲虫，少年侦探团以为是求救，实则被博士吓到。
小兰因园子直播发现柯南位置，前往东京塔。奈奈的哥哥持刀刺向假松本，被Irish击倒。柯南揭露Irish身份，Irish因知道柯南即新一却未告知琴酒，暂时放过兰去追柯南。小兰躲避枪击但长发受损，踢打Irish无效，踢烂其半张假脸露出真容。Irish拳击打飞小兰，因听到新一声音惊讶而放弃兰追击柯南，柯南利用手表灯设陷阱。
柯南现身高强度对决，足球踢击无效，Irish枪法精准破坏柯南腰带和踢鞋等道具，仅存背带、变声器、眼镜及寄存的滑板。追逐至塔顶，柯南利用重力使Irish眩晕夺枪，但黑色直升机出现。琴酒电话质问Irish记忆卡情况，见卡后下令基安蒂狙击杀害Irish。濒死Irish鼓励柯南揭露黑暗组织，柯南利用背带反弹探照灯击毁直升机，琴酒等人逃生。苦艾酒称赞柯南，故事在柯南决心继续战斗后结束。
博士在树林小屋发现持枪黑影，致电高木和佐藤，二人改道米花之森，途中看见苦艾酒的摩托车。警视厅长松本抵达东京塔。柯南调查得知水谷与奈奈爱看星星，独自前往东京塔对峙，此时白鸟、千叶等警官被打昏，真相是假松本（Irish）所为。柯南推理出Irish伪装身份及组织内幕，Irish因尊敬如父亲的Pisco死于琴酒之手而保持沉默，欲借琴酒过失扳倒他，遂追杀柯南。
本作核心案件是一起以麻将牌为提示的连续杀人事件。同时，警视厅内部潜伏着间谍，线索始于群山县山村警官（已晋升警部）在会后哼唱《七子之歌》，被柯南听出异样并追踪，发现他进入了一辆黑色保时捷。此外，佐藤警官提及毛利侦探办案时柯南给出的惊人提示，也被这名间谍窃听，显示出警视厅内部危机四伏。
会议上，毛利小五郎的冒失推理令目暮警官感慨若工藤新一还在多好，横沟警官也感叹工藤久未出现。高木刑警冒失地提及黑衣骑士事件中工藤现身的情节，再次被间谍听到。这名黑影间谍利用电脑轻易入侵警视厅系统，屏幕上显示出大量江户川柯南的档案资料，其身份之隐蔽令人不寒而栗。
剧场版首次将TV版剧情如《黑暗骑士》、灰原与组织重逢等情节与本片紧密连接。帝丹小学手工课上，光彦捏甲虫、步美做月兔、元太做鳗鱼、柯南做海豚。深夜，黑影潜入帝丹高中和小学，因怀疑柯南身份，偷走了海豚泥塑的鳍和黑衣骑士戏服，对比指纹后发现重合度高达98%，证实了柯南与新一的关联。